A1x01 Rising I. (Felemelkedés I.) című epizódban ő vezette O'Neill tábornok felkérésére a Pegazus-expedíciót Atlantisz városába. Induláskor nem nézte jó szemmel, hogy ennyi civilt visznek magukkal és Bates őrmestert utasította Beckett noszogatásra. Sheppard őrnagy sem volt túl szimpatikus a számára, mert egyértelmű volt, hogy Dr. Weir kérésére vesz részt a misszióban. Kifejtette neki, hogy feltétlen engedelmességet vár majd el tőle. Induláskor parancsokat adott a civileknek, majd a városba együtt mentek át Dr. Weirrel, ahol szép óvatosan felfedezték a létesítményt. A holmik áthozása után Dr. Weirrel és Sheppard őrnaggyal együtt figyelték, hogy új lakhelyük egy óceán alatt van. A hologramm meghallgatásakor is jelen volt és emiatt sürgető lett, hogy energiaforrást találjanak. Hamarosan visszarendelte az embereit a központi toronyba. Sheppard javaslatának köszönhetően csapatot szervezett és végül így lyukkadtak ki Athosiára, ahol erős katonai vezetőként meglehetősen bizalmatlan volt a helyiekkel. Sheppard őrnagy szerencsére feltalálta magát és oldotta a két nép közötti feszültséget. Sumner a helybéliek tiltása ellenére parancsot adott a romváros átvizsgálására. A pár órával később bekövetkező Wraith támadáskor is hassnát vette John segítségének, mivel az illúziók őt is megtévesztették. Bates őrmesterrel együtt lelőttek egy Wraith Dárdát, amely után magukkal hurcolták őket is ellenségeik.

A1x02 Rising II. (Felemelkedés II.) című epizódban egy Wraith kaptárban találta magát pár athosiaival, akik közül az általa árulónak hitt Torant elhurcolták a fogvatartóik. Amikor újabb áldozatért jöttek, akkor ő ajánlkozott fel és így az Őrző elé kísérték. Ott hamar felismerte, hogy az idegenek táplálékot látnak az emberekben, de nem tudott ellenállni a gyötrőjének. Hamar kiderült, hogy a gondolatai elárulták a Földet a Wraith számára, akiknek több milliárd élőlény bőséges lakomának tűnt. Hősiesen tűrte a kínzást, de végül felbosszantotta az Őrzőt, aki elkezdte elfogyasztani. A megöregedett férfi később észrevette Sheppardöt, s jelzett neki, hogy ölje meg mindkettőjüket.

A1x17 Letters From Pegasus (Levelek a Pegazusból) című epizódban csak említés szintjén szerepelt a neve. Dr.Weir azt szerette volna, ha Sheppard őrnagy mond a családjának egy rövid üzenetet. John arról beszélt, hogy nem ismerte igazán, de tehetséges és erős vezetőnek találta.

A1x20 The Siege II. (Az ostrom II.) című epizódban Everett ezredes és Sheppard őrnagy beszélgetett róla, aki felelősségre vonta a barátjának gyilkosságával kapcsolatban. John próbálta volna elmagyarázni, hogy az adott pillanatban nem tehetett mást, de ekkor elkezdődött az ostrom első hulláma.